La direction des Cours d'eau non navigables a pour mission la gestion intégrée, équilibrée et durable des cours d’eau, qui concilie leurs fonctions hydraulique, écologique, économique et socio-culturelle, en relation avec le débit solide (sédiments) et le débit liquide des rivières dans le respect des habitats aquatiques. Elle est garante de leur bonne qualité hydromorphologique, au travers des travaux qu’elle réalise, des autorisations domaniales qu’elle délivre, des conseils et avis qu’elle remet, des aides et subsides qu’elle accorde, de l’évolution des cadres juridique et méthodologique qu’elle propose.
Elle pilote l’élaboration, la mise en œuvre et le suivi des Programmes d'Action sur les Rivières par une approche Intégrée et Sectorisée – PARIS (
Elle effectue notamment des études hydrologiques, hydrauliques (
Sa mission englobe la problématique de la circulation sur et dans les cours d'eau (